0041-【linux系统】-conda软件安装及生物信息平台配置

Anaconda官网目录

https://www.anaconda.com/download/#linux

conda 帮助文档

https://conda.io/docs/user-guide/overview.html

手册:https://conda.io/docs/_downloads/conda-cheatsheet.pdf

bioconda官网

https://bioconda.github.io/

软件搜索:
https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes

minconda

为只带python和conda的简化版anaconda

清华源下载路径

清华大学开源软件镜像站首页:
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

安装miniconda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

将miniconda写入环境变量

vim ~/.bashrc
export PATH=/home/toucan/miniconda3/bin:$PATH
source  ~/.bashrc
conda

rm -f Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

添加第三方镜像

TUNA 还提供了 Anaconda 仓库的镜像,运行以下命令:即可添加 Anaconda Python 免费仓库。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

Conda 三方源

当前tuna还维护了一些anaconda三方源

$conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

$conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

$conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

$conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/

$conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/

显示已经安装的channel

conda config --get channels

显示结果:

$conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/'
--add channels 'r'   # highest priority

conda的配置文件

conda通道的配置文件一般在~/.condarc里面,内容如下。全局控制conda的安装在conda_path/.condarc,具体操作见https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html。

安装示例

conda install numpy 
conda install panda

显示,python包安装的路径为:用户目录下的miniconda3文件夹

environment location: /home/toucan/miniconda3

  added / updated specs:
    - numpy

利用bioconda安装生物软件

conda install fastqc

更新软件,卸载软件

conda update 软件名
conda remove 软件名

R包及软件安装

官网安装方法:
https://www.rstudio.com/products/RStudio/

conda 官网支持的R包:
https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs

安装R

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

安装Rstudio桌面版

sudo apt-get install gdebi-core
sudo gdebi -n rstudio-1.0.44-amd64.deb
rm rstudio-1.0.44-amd64.deb 

安装Rstudio服务器版

sudo apt-get install gdebi-core
cd ~/software
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.383-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-1.1.383-amd64.deb

查看ip

ifcofig
inet 192.168.161.148
inet 127.0.0.1

# 登录成功
http://192.168.161.148:8787/
# 输入linux用户的账号和密码

需要设置:打开浏览器后,将全局设置,packages的镜像路径设置为广州

配置参数,一般不需要设置,如果登录不上

sudo rstudio-server verify-installation #查看安装是否正常
sudo rstudio-server start               #启动RStudio-server
sudo rstudio-server status              #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop                #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart             #重启RStudio-server

conda命令

 查询库中软件的版本: conda search 软件名

        安装指定版本:conda install 软件名=版本号  (conda会卸载之前安装的版本,再重新安装)

        更新版本 :conda update 软件名

        卸载软件  :conda remove 软件名

        激活软件 : source activate 软件名  (把目录添加进环境变量)

        钝化软件: source deactivate  (从环境变量里面 删去 )

       查看添加的频道 :conda config --get channels

        激活虚拟环境:source activate env1
        针对虚拟环境安装软件: conda install -n env1 numpy pandas
        指定版本安装:conda create -n env1 python=2.7
        指定下载通道安装:conda install -c r rstudio
        关系虚拟环境:source deactivate env1

#查看当前系统下的环境和虚拟环境
conda info -e

# 创建新环境
# 指定python版本为2.7,注意至少需要指定python版本或者要安装的包# 后一种情况下,自动安装最新python版本
conda create -n env_name python=2.7

# 同时安装必要的包
conda create -n env_name numpy matplotlib python=2.7

# 环境切换
# 切换到新环境# linux/Mac下需要使用source activate env_name
activate env_name

#退出环境,也可以使用`activate root`切回root环境
deactivate env_name

# 移除环境
conda remove -n env_name --all

官方bioconda虚拟环境例子

# 环境名字为 aligners
# 环境中安装 bwa bowtie hisat star
conda create -n aligners bwa bowtie hisat star

# 如果还想继续安装,指定安装环境;否则安装到默认环境
conda install -n aligners hisat2

# 启动新环境
source activate aligners
star -h

source deactivate aligners

# 移除不需要的环境
conda renove -n env1 --all

包管理

给某个特定环境安装package有两个选择,一是切换到该环境下直接安装,二是安装时指定环境参数-n

activate env_nameconda install pandas

# 安装anaconda发行版中所有的包
conda install anaconda

conda install -n env_name pandas

conda list
# 指定查看某环境下安装的package
conda list -n env_name

#查找包
conda search pyqtgraph

# 更新包
conda update numpy
conda update anaconda

参考文章:
https://www.jianshu.com/p/2f3be7781451
https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445

文章来源: 0041-【linux系统】-conda软件安装及生物信息平台配置

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